山里教會位於花蓮縣卓溪鄉，屬東北區，約於1941年，由田三多弟兄將真道傳入其山里村岳父鐘金烟弟兄一家人。日據時期，宗教信仰不自由，常以信仰為藉口迫害基督徒，致使福音停滯於鍾弟兄一家而無法傳開。

感謝主的帶領，1942年，本會馬靈喜執事及毛親傳弟兄，在立山教會蘇光妹姊妹帶領下信主並接受洗禮。受洗後方知田三多弟兄岳父一家人早已信主，並開始聯合聚會，山里真教會就此萌芽。感謝主！當時歸入真教會的信徒有六戶人家，約三十人。

日人佔據台灣，信徒常受逼迫，晚間聚會、安息日聚會常是流離失所，躲躲藏藏，不定點的找地方敬拜真神。有時溪水旁、有時在隱密的工寮、有時在深山野林，只要能躲過日人耳目的皆是聚會的好地方。感謝主的安排，山里教會在陳聖工執事（已過世）與楊約翰長老不斷的勉勵、牧養，聖工發展順利，信徒信心火熱，愛主的心更是堅定。

台灣光復後，福音傳揚不再受阻，山里教會蒙神的祝福；包百合姊妹將真道傳入南澳鄉；許真信弟兄翻山越嶺，使南投仁愛鄉也建立教會；毛親傳弟兄與韋大發弟兄利用在台中接受短期神學訓練之便，至台中和平鄉傳揚神的話語。感謝神的帶領，今西區與南澳鄉，真教會已處處可見，高舉主的名，榮神又益人。

本會於1947年完成了第一座茅草屋頂竹牆會堂獻給天上真神。因遷徙，於1953年旋又重蓋一座木板牆鐵皮頂會堂，當時信徒數已增至五十餘人。1979年，因信徒數增至百餘人，遂又重建現二層樓鋼筋水泥會堂，並於七十年獻堂啟用。

近因山地管制逐漸開放，來訪信徒頻繁，因會堂受限，致無法容納眾多來訪信徒聚會、住宿。遂於1992年7月決議擴建及更新設備。感謝主！工程於1992年11月動工，在神的帶領及各地教會愛心的協助、代禱，擴建工程已於1993年6月竣工，並於6月20日舉行感恩聚會。願將這一切的榮耀、尊貴、權柄歸給天上真神。