從前的地名叫「三間屋」，此地水源充沛，土質肥沃。原住民阿美族定居於此形成部落。本會第一顆種子，陳建發的長子，因遷居石雨傘(忠孝村)，歸主之後，將福音種子帶回三間村，其父陳連發一家數人首先受洗，且對本會的道理深信不疑。又不斷傳給其他族人。于1949年8月成立祈禱所。短短四個月中即有三十人相信。在1949年11月成立教會時，才一同受洗歸入主名下。

1959年，教會遷到現址，信徒數逐年增加，愛主的山地同靈，信心單純，恪遵神的教訓，勤儉務農，又奉獻土地，於1972年建造第一座鋼筋水泥的會堂。

時光匆匆二十年，蒙神恩眷與保守。信主的人越多，聖工越見活耀，又會堂已漏雨老舊。信徒會議決議在原有的地基上增建二樓大會堂，並與前端的三樓傳道房連接。於1991年7月動工，外出同靈即不停地相互勉勵多多奉獻，在家鄉的父老，天未亮即前來早禱會，為建堂的事工迫切禱告。建堂期間，許多零星工作，都是老信徒獻工出力完成的。經費拮据時稟報區負責。不分平地山地，關心建堂的人，時以電話垂詢與樂捐行動，不斷地支援三間教會。獻金、獻工、獻土地；感謝主，終於1992年9月竣工。並于10月11日舉行獻堂典禮。三間教會目前信徒數一百六十二名，原有之建堂基金僅一百五十萬元，後經信徒的努力與各地教會的奉獻，終得達成四百萬元的建堂費用，由於信徒這種愛主愛人、彼此關懷的心，讓未信者更認識真教會，在三間村高舉神的聖名。願將一切尊貴榮耀頌讚，都歸給天上真神耶穌基督，阿們。