1948年8月，全北任實郡三溪面鴻谷里某教會的尹錫柱傳道師為了得到靈力，到慶北金泉附近的龍門山參加其他教會舉行的山上聚會。當時本會的金泉教會正在聚會，祈禱之時有人得到啟示，若到龍門山去，將會遇到兩個正在尋求真理的人，因此朴必善、洪鐘培兩位執事就按著啟示到龍門山，遇到的兩個人其中一位，就是尹錫柱傳道師。尹錫柱傳道師聽到本會真理獲得重生，就回到三溪鴻谷的某教會將真理傳給教友。當時許炳岩（現許雅各長老）和許相（現許守真長老）等多數信徒得到聖靈。

同年9月26日，金泉教會的朴昌煥長老被派遣到三溪舉開佈道會，隔年又舉開靈恩會；之後鴻谷某教會的全體信徒全部改信真耶穌教會，成為韓國的第二間教會。1950年4月在鴻谷教會舉開第一次教會代表大會，選出負責人，設立了韓國總會。

1950年6月25日由於韓戰爆發，聚會中斷，會堂也被破壞，受到共產軍的逼迫甚大。1951年5月30日，由於原本的會堂已被共產軍破壞，而將教會搬到三溪里，稱為三溪教會。

三溪教會陸續發展，信徒數逐漸增多，因此1970年又在蓬峴里部落設立祈禱所。1971年4月29日三溪教會搬移到當地的主要道路邊，土地面積共60坪，會堂佔20坪，雖然只是小小的農村教會，仍培養出6名傳道。1991年為了再次改建會堂成立了建築委員會，買入教會周圍土地120坪，使教會總土地面積達到180坪。三溪教會改建為地上兩層的現代式建築，兩層共計95坪，並於1996年8月25日舉行獻堂典禮，將榮耀歸於真神。

由於人口外流，農村人數減少，目前三溪教會的信徒僅有56名，安息日聚會人數約30名。雖然信徒數目不多，但他們都過著以教會為中心的生活，熱心盡力服事主，願神繼續帶領三溪教會聖工發展，並願一切榮耀歸於天上真神。阿們！