1970年代末，台灣農業漸漸轉型為工業型態時，遠居東海岸的阿美族原住民同靈，為了家庭生計，青年們紛紛遠離家鄉外出工作。

於1979年有些選擇座落於桃園南崁地區就業的同靈，謹記家鄉長輩培育的宗教信仰及諄諄叮嚀，在神愛的保守中彼此安慰扶持，並到就近的教會聚會（桃園教會）。由於當地教會不斷的關懷與訪問，於北部駐牧的原住民傳道聞知訊息亦親臨關懷訪問及勉勵。

至1988年左右，有幾戶信徒遷居至大園鄉果林村（即桃園國際機場後門），為了信仰與福音的開拓，與同靈間彼此有了共識之下，此時神感動林克明弟兄伉儷，於1989年將當時所租用的工廠二樓提供給信徒做為固定聚會的場所。1991年信徒人數日增，於是與桃園教會負責人商議，承蒙神的眷顧與祝福，順利成立果林祈禱所。

感謝主，林克明弟兄伉儷的愛心，蒙神祝福事業順遂成長，原廠房不敷使用而搬遷擴廠，因而將ㄧ樓也提供給教會使用。於是1995年2月祈禱所開始實施下午守安息聖日的聚會，並且成立宗教教育的聚會。至1996年10月遵守全天的安息聖日聚會。

經上說：「要擴張你帳幕之地，張大你居所的幔子，不要限止；要放長你的繩子，堅固你橛子。因為你要向左向右開展……」（賽五四2-3）。在1996年底全體信徒共識下，同意成立建堂委員並設立建堂基金。未來幾年間弟兄姊妹同心合意的禱告、奉獻並聖靈的親自帶領同工，於1998年6月15日成就了神所預備的一切，超過我們所求所想（弗三20），並感謝來自各地教會愛心捐助及奉獻，願主記念施恩祝福。

1999年6月13日將會堂獻上，榮耀主的聖名。建堂總經費2300萬元，截至目前的信徒人數在籍者146名，不在籍者249名。平日聚會時間為週三、週四（家聚）、週五晚間聚會及週六（安息日），安息日下午為兒教組聚會時間，晚間為青教組聚會。本會成立兒童、青年、女聲及大詩班等來協助福音各樣事工推動。

南崁教會位居國門之地（桃園國際機場），是出入境及國外來訪最佳休憩處；又因鄰近均為工廠公司行號，晚間或假日聚會時間無干擾鄰居安靜之慮；且周邊道路寬闊無停車不便等問題，是其他都會區少有之景象。

南崁教會是間年輕可愛有活力的教會，因為信徒的平均年齡也都正值壯年。而會堂位居國門、又比鄰工廠公司行號之地，信徒也不再限於原住民同靈，而是國際性的教會。同靈間的包容心與愛心也因此增長，彼此間相互關心，年輕同靈的朝氣活力也帶動了教會的活潑性。衷心期盼歡迎大家認識南崁教會這可愛活潑的大家庭。