1934年，花蓮港原其他教派信徒洪火爐，到羅東辦事，適逢羅東真耶穌教會舉行佈道大會，遂進入查考真理，明白得救要道，相信聖靈權能，之後返回花蓮，見證真道予其他信徒，並共同研究此道之「是」與「不是」。不久，於某星期日參加該教派禮拜後，洪氏勇敢上台見證「晚雨聖靈已降！」，並論及本會的信仰；結果被該會長老推下講台，趕出大門，但卻得「同道」近十人。爾後常聚集論道、祈禱，同時函請「台灣支部」派遣傳道來協助牧養。1935年3月，支部特派蔡聖民執事等人，由羅東來到花蓮，洪火爐等多位信徒對本會要道乃得明白接受，即行浸禮，歸主名下。如此前後一個多月，得信徒十數人，先成立祈禱所。因聖靈同工，信徒激增，於同年4月成立東台灣第一所教會——水上（延平）會堂俗稱花蓮港教會。當時雖受其他教派百般阻擾，但聖工日旺，神蹟彰顯！

自1935年成立花蓮教會以來，總覺得在接待上、設備上，以及宗教教育等等空間上都非常不足，一直想要重建會堂，直到2001年信徒會議決議通過，終於要重建會堂了。就在這個時候，總會也剛好購買緊鄰教會旁邊的空地，準備要蓋花蓮學生中心，但是學生中心的地目並不是建地，而是公共兒童用地，無法直接進行興建，為了要配合與學生中心整體性的規劃，我們就暫緩重建的動作，看看能不能將學生中心這塊地作變更。感謝主！2002年，這塊地目總算順利的變更為宗教用地，並於該年1月12日的區信徒代表會議中，通過學生中心與花蓮教會合建的提議案。

花蓮教會位於建中街及延平街交叉口，交通往來便利，附近停車空間也非常方便。新會堂地處座南朝北之方位，北邊乃花蓮火車站及花蓮高商所在地，南邊有花蓮高農，東面有花蓮郵政總局，西面有花蓮慈濟醫院。

花蓮教會為一幢五樓建築，建築外觀為洗石子牆面，中間擁有透明的觀景強化玻璃窗，右邊則是與花蓮學生中心合蓋的大型建築物，上有花蓮真耶穌教會大型看板，讓人遠處便可察覺此一建築物，是花蓮市區的一幢大型建物。

四樓為主會堂；三樓有宗教教育教室、會議室、女生大寢室；二樓有駐牧傳道房、兩間協助傳道客房、男生大、小間寢室、幼稚班教室及聯誼客廳；一樓則有職務會辦公室、管理室、接待室、聯誼客廳及茶水咖啡廳。

目前信徒數為211名。宗教教育自幼稚班到中級班，體制健全，團契則涵蓋大專至迦勒。每週一、四、五有晚間聚會，週二家庭小組團契聚會，週三綜合詩班及團契聚會，週六即安息日聚會。

花蓮教會誠摯的邀請各位能常來花蓮訪問。願神賜福大家，平安、健康、喜樂！哈利路亞，阿們！