喜樹教會自南門教會分設出來，於2014年1月1日正式成立教會，目前信徒人數73位，是一所見證天父能力與恩典的教會。

喜樹教會位於台南市南陲之地，瀕臨台灣海峽，是有名的黃金海岸。早期這裡是屬聚落型的鄉里，居民大都務農或沿海捕漁為業，鄉里眾廟林立，民間傳統信仰習俗根深柢固。喜樹教會立足在這樣的環境，一步一腳印，點滴見證主耶穌奇妙的作為。正如「先知以賽亞的話，說：西布倫地，拿弗他利地，就是沿海的路……。那坐在黑暗裡的百姓，看見了大光；坐在死蔭之地的人，有光發現照著他們」（太四14-16）。

已故張炳發弟兄約於1971年遷居到喜樹，立志在此地為主傳揚福音，等待了四、五年的時間卻一直沒有機會，心中相當苦悶，已打包行李準備離開，主耶穌卻安排了張梳姊妹到訪，遠遠望見張弟兄的住處，突然被聖靈感動，大聲喊著說：「主預備！主預備！」於是張弟兄又留了下來。1975年起，陸續有幾戶人家蒙恩信主，1991年1月，弟兄姊妹每天早上六點至六點半聚集在林恩霖執事的工廠舉行早禱會，有唱詩、讀經、禱告，參加的成人約有8位，小孩約有7位。1995年春季，信徒人數增加至17戶57人。

1995年11月南門教會職務會提議在喜樹地區購買透天厝乙棟，準備成立喜樹祈禱所，1996年1月購得現址喜樹路45-6號，地坪49坪。1998年2月1日舉行喜樹祈禱所感恩特別聚會。2013年7月，一位愛主的信徒再購買緊鄰的透天厝乙棟，地坪47.8坪，奉獻給喜樹教會使用。2014年1月職務會籌劃會堂合併整建工程，11月底整建告一段落。2016年1月1日，舉行喜樹教會成立暨獻堂感恩特別聚會。

喜樹教會自成立以來，晚間聚會人數約27人，安息日上午聚會平均52人，下午33人；宗教教育兒教組，主內在籍4人，穩定慕道學生有5人（有喜信學園學生或醫宣義診成果，也有跟著父母一起來慕道的），已分別成立幼年班及少年班；青教班還在努力中。

多年來，喜樹教會秉著融入社區、服務社區、親近里民的理念，長期規劃各項社區的福音工作，較具特色的有：結合宣道、教育與安親性質的「喜信學園」、安養中心老人關懷與宣道活動、服務社區小學擔任晨光教學志工，還有近期辦理的醫宣義診等。

喜樹教會致力各項福音宣道，乃是學習主耶穌謙卑走入人群傳道的榜樣，將基督的生命、主的愛帶給人群，將人完完全全領到神的面前。