伸港教會原稱線西教會，成立於民國15年3月10日，是真耶穌教會在台灣成立的第一間教會。民國55年遷建於伸港鄉中山路上，故於58年改稱伸港教會。

民國14年秋，先由黃以利沙長老之父黃秀兩，帶著孫兒等返回故鄉線西，向親戚們證道。15年3月2日，黃以利沙長老等多人就帶領當時傳道人張巴拿巴、郭多馬、高路加等長執，由廈門搭船來台灣傳道。3月5日一行人抵十五張犁，7日在溫仔村舉開頭一次的佈道會，於10日在十五張犁第一次施浸，共62人受洗，正式成立線西教會。

神的作為實在奇妙，就在溫仔教會成立當年起，聖工在伸港鄉大大發展，信徒重心明顯移向伸港水尾一帶，神蹟奇事明顯，於51年在水尾開辦宗教教育兒童聚會。現今宗教教育教員有12名，幼年班學員10名，少年班學員7名，初級班學員11名。

因十五張犁已無信徒居住，職務會遂決議在伸港另建會堂，民國55年8月20日竣工，於9月18日舉行獻堂典禮，仍稱為「線西教會」，直到58年才改稱「伸港教會」，信徒數約150名。其實伸港教會培育了很多優秀青年分散在台灣各地，大家都覺得有必要協助母會振興聖工，而其中最重要的是對青年培育的工作，乃於80年10月12日成立「尼希米團契」，結合在地及旅外青年的力量，協助母會栽培青年。

民國84年伸港教會成立七十週年，雖然信徒軟弱，但神幫助我們。有人提議重建會堂，立即得到一致的支持，乃於民國85年1月10日動工興建，86年9月完竣，並於9月28日舉行獻堂典禮暨紀念教會成立七十一週年感恩聚會，將新會堂奉獻給主，開啟伸港教會的新紀元，願主親自帶領賜恩。