1955年北港一位林問先生因其妻黃金女士赴中庄教會（今新港教會）慕道、聚會後，其精神病得醫治，遂將他家商店之三樓供為聚會場所，設立家庭聚會。

1956年正月購置文化路（舊會堂）之地，並於同年2月初動工興建，同年4月底竣工，成立「北港祈禱所」。

1960年5月20日正式成立北港教會，迄今39載，當時信徒數130多名，大部分原屬中庄教會（今新港教會）牧養，工作也由其擔當。

1979年6月，因舊會堂已使用20多年，破舊不堪，遂重新修建之。

1987年9月，因沒有兒童教室，且休息室太小，遂重建成兩樓，包括傳道房、兒童教室、休息室等，於1988年2月竣工。

1991年5月25日，以1,350萬元購得現今之會堂。同年9月8日，由文化路遷入新會堂。感謝主的恩典，在本省香火鼎盛之地，能藉主奇妙之作為，使祂的殿得以堅立，主的名得以彰顯。

1992年3月29日新會堂落成，舉行獻堂典禮，將榮耀歸於主名。本會目前信徒數約有90名。宗教教育有幼稚班，其餘班級學員皆與新港教會合併上課。願神繼續加添祂的選民，使教會聖工活潑興旺。願一切榮耀、尊貴都歸於天上真神。阿們！