南港教會位於台北往返基隆的縱貫線上，並分別與松山、汐止及基隆教會在縱貫線上連成一線。鄰近有南港軟體園區，未來也是高鐵、捷運、台鐵的交會之處。地處交通要道且目標明顯，在一旁的老舊建築物中特別的閃亮耀眼，彷彿是一盞明燈，照亮在這南港地區，榮耀主的聖名。

南港教會信徒原隸屬於松山教會，1999年初，松山教會駐牧傳道賴大成勉勵信徒，應將發展南港地區的聖工列為該年度的工作重點，盼有信徒提供場所或以租賃方式，以便在南港地區能有聚會之地。2月底即有信徒在興中路找到一間約五十坪大、準備出租的空屋，同年5月底並完成租賃手續，並於6月7日在興中路十二巷七號二樓成立「南港祈禱所」。恰逢台北教會也有意開拓南港地區聖工，遂在區負責張恩哲長老提議下，由台北、松山兩教會合力開拓成立南港祈禱所，其設備、租金及牧養皆由兩會共同分擔，直到成立教會。

成立祈禱所後，信徒一方面熱心聚會，一方面求神帶領尋找合適房子擬購置為新會堂，期間看過幾處但因不甚適用而放棄。一年多後，母會負責人及駐牧傳道認為時機成熟，可以成立教會，乃於2001年2月4日報准成立「南港教會」。感謝主，假若不是當初各位弟兄姊妹憑著這份單純愛主的信心及母會的堅持，或許今天也就沒有南港教會。

教會成立後，「購置會堂」仍是眾弟兄姊妹一致的信念，大家均有「不完成購買會堂，則聖工不能安穩」的憂患意識，因此齊心合力禱告求主預備。感謝主的垂聽，於4月間得知有一間一、二樓同時同案被查封的法拍屋，正適合購置為會堂，至6月，此屋三拍流標並進入公告期間，便向法院承購。期間雖經過繁雜的點交程序，但一路上有主的帶領，終於在2002年2月交屋，整修完成後並正式於7月28日搬至新會堂聚會。

而南港教會也成了第一間「租屋成立教會」的先例，並是在這遠景可期的黃金地段卡位，將神的名在南港地區高舉。真是在人不能，在神凡事都能。在會堂整修期間，主亦伸起祂那大能手，適時興起一批生力軍，在當時缺乏青年及事工人員之時，有從外地北上就業以及內湖、汐止附近同靈就近前來參加聚會，並且加入聖工行列，大家同心合意，目標一致，憑著各人恩賜發揮所長，為神的家貢獻一己之力。

南港教會目前信徒人數165人，安息日聚會平均約105人，晚間聚會平均約35人。本會雖是一個小教會，但弟兄姊妹皆有愛主及追求真理的心，同靈間彼此團契，且相處融洽，秉持著主內一家的精神，在接待的事工上常常會讓來訪的賓客有賓至如歸的感覺。「熱情、好客」是南港教會的代名詞，教會充滿濃濃的人情味，也成為北上的遊子們願意停留的好地方。歡迎各地同靈有空能蒞臨指導。

回顧由祈禱所到成立教會並購買會堂，我們從無到有，神的恩典滿溢，也盼望未來弟兄姊妹更要以拓展南港地區的福音聖工而齊心努力，多多引領人到主前，同沐主恩，同靈間彼此相愛，使教會不斷增長。願一切榮耀頌讚歸於天上真神，並施恩祝福南港教會全體同靈。阿們！