1951年時，一位真耶穌教會的信徒李秀珠姊妹（已故女執事），從雙溪大年搬遷到馬六甲定居，那時馬六甲還沒有教會。1961年李姊妹患了重病，但藉著神的慈愛和恩典，病得醫治，為了報答主恩，決定把她的家做為祈禱所。同年，周春梅姊妹與家人從芙蓉遷居到馬六甲，由於李姊妹星期六需要工作，所以兩家人只能於星期五晚上聚會。此時，芙蓉的陳雅各執事（現為長老），也於每個月的第二個星期到此協助舉辦聖餐禮。

1983年李姊妹到了退休年齡，便定居吉隆坡，所以聚會地點改為王仁光弟兄（現王腓力執事）的住家。這期間，新加坡的同靈都會按時到馬六甲牧養，因信徒人數不斷增加，眾人皆覺得需要有一處聚會所，感謝主的帶領，於1987年以馬幣8萬4千元購買了位於亞洲花園的一幢雙層店舖，並在1988年8月20-21日舉行獻堂禮和靈恩會。感謝主，此期間芙蓉的陳雅各執事仍持續不斷牧養馬六甲，直到1991年10月15日王仁光弟兄被按立為王腓力執事，施錦華姊妹則按立為施馬利亞女執事。

因信徒繼續增加，所以於2003年9月以馬幣40萬購買了位於晉港的雙層店舖（現在聚會所）。2004年7月開始裝修工程，2005年7月8日星期五第一次在新會堂聚會，並於8月20-21日舉行獻堂禮和靈恩會。目前教會的信徒數有70人，慕道者10人，平常安息日出席人數約有50-60位。

每週的星期五晚上8點有查經聚會，星期六的下午3點至4點30分有安息日聚會，5點之後有中年團契和青年團契。第一和第三個星期日早上9點有禱告會，第二個星期日早上10點有家庭聚會，第四個星期日則舉辦郊遊或是活動。

宗教教育聚會時間為星期六下午3-4點。幼稚班人數有3位，少年班人數則有8位。

教會的內部設施部分，平面面積為80×35尺，主會堂可容納180人，育嬰室可容納4位成人、4位嬰兒，還有一間傳道房。底樓有接待處，副堂可容納40人，另外有三間教室與廚房。

願主繼續帶領馬六甲教會，讓我們在此地更加成長茁壯，榮耀主名！